ChIRP
  ChIRP原理  

Chromatin Isolation by RNA Purification(ChIRP)是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的方法。该方法是通过设计生物素或链霉亲和素探针,把目标RNA拉下来以后,与其共同作用的DNA染色体片段就会附在到磁珠上,最后通过qRT-PCR、测序、免疫印迹法和质谱分析等确定目的RNA、DNA和蛋白。

    技术流程   
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 ChIRP实验流程

    研究方案    


  • ChRIP-RNA

    探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解/超声处理→探针杂交→复合物纯化→RNA回收与纯化→RNA-seq或qRT-PCR检测;

  • ChRIP-DNA

    探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解/超声处理→探针杂交→复合物纯化→DNA回收与纯化→NGS或qPCR检测;

  • ChRIP-Protein

    探针设计与合成→细胞交联→细胞裂解/超声处理→探针杂交→复合物纯化→蛋白分离→MS鉴定。


    技术优势    


  • 可以研究细胞体内互作;

  • 可以同时研究RNA、蛋白质和DNA形成的复合体之间的互作,也可研究它们之间的两两互作;

  • 利用ChRIP-MS实验寻找与目的lncRNA结合的蛋白,可不受lncRNA长度的限制。